A Igreja Evangélica Presbiteriana de Portugal (IEPP) tem a sua estrutura baseada no sistema presbiteriano-sinodal, i.e., em todos os seus níveis é dirigida colegialmente e sempre por membros eleitos.
As 27 comunidades que constituem a IEPP estão agrupadas em 4 regiões. Cada comunidade é dirigida por um Conselho da Comunidade. Compõem este Conselho da Comunidade os membros eleitos pela comunidade em Assembleia Geral, o pastor da mesma e qualquer outra pessoa que exerça um ministério reconhecido pela IEPP e que se encontre ao serviço dessa comunidade.
Os delegados dos Conselhos da Comunidade constituem os Conselhos Presbiterianos Regionais (CPRs) que, nas suas Assembleias Gerais, elegem as respectivas Comissões Executivas que funcionam como os seus órgãos permanentes. É também da competência dos Conselhos Regionais a nomeação dos delegados ao Sínodo, sendo, automaticamente, os seus Presidentes membros do mesmo.
Por sua vez, os membros do Sínodo elegem o Presidente da Igreja e os demais membros da Comissão Executiva que, em conjunto, constituem a direcção da Igreja e são os seus mais altos responsáveis nos intervalos das reuniões sinodais. Esta Comissão Executiva é constituída por 7 membros efectivos e 4 suplentes, podendo os mesmos ser pastores ou leigos, homens ou mulheres, o que aliás acontece com qualquer outro concílio da IEPP.
Estas diferentes instâncias de direcção têm sentido ao funcionarem como um todo unido e vivo sob a Palavra de Deus. A sua composição mostra claramente que a Igreja Presbiteriana em Portugal se constrói da base para o "topo". Deste modo manifesta-se, na sua própria estrutura, a convicção de ser a Igreja conduzida só por Jesus Cristo e que a sua vontade é recebida no seio da comunidade que vive a sua Palavra. Viver e pôr em prática esta vontade, em todas as suas dimensões e sem exclusão de pessoas, é a missão da Igreja Evangélica Presbiteriana de Portugal.